1浙江省新石器时期时代木器材质特点研究（主持），国家文物局，2003-2006，已经结题。

2早期栽培稻的系统特性研究（主持），省文化厅，2004-2007，已经结题

3浙江史前稻作农耕遗迹的考古研究（主持），省财政厅，2005-2010，已经结题

4田螺山遗址自然遗存的综合研究（参加），教育部，2005-2008，已经结题

5长江下游新石器文化植物考古学研究（参加），日本学术振兴会，2005-2008，已经结题

6文明探源（三）课题：3500BC-1500BC中国文明形成与早期发展阶段的技术与经济（参加），国家文物局，2010-2015，进行中

7浙江中部新石器时代早期遗址出土的稻谷遗存及其环境（主持），国家文物局，2013-2014      进行中

8文物考古动植物遗存分析检测平台建设（一期）（主持），浙江省文物局，2015-2016，进行中                        

9末次冰消期以来中国中东部极端气候环境事件与农业起源发展和人类适应研究（参加），科技部，2015-2020，进行中