植物果实和种子是遗址出土大型植物遗存中数量和种类最多的，是人类活动过程中的残留。考古遗址植物果实和种子分析不仅可以了解古代植物种类，重建古代植被系统，而且也是研究人与植物关系，复原古代先民利用植物资源特点的不可或缺的材料；通过遗址时间（地层）和空间分析，可以识别遗址功能区域布局及其变化，解析环境变化及其对人类活动影响。遗址出土的种子也是研究农业起源、揭示植物栽培和驯化及其系统演化过程有力的实证材料。