硅藻是单细胞的浮游藻类，进行光合作用，主要通过2分裂法无性增殖。硅藻胶质细胞壁由两层坚硬的硅化壳构成，在土壤中不容易分解。根据硅藻外壳形态，可大致分为中心硅藻目和羽纹硅藻目。硅藻生活于各种水环境中，是水世界中最具竞争力的生物之一，在不同的PH值、盐分浓度、水流特点等生活着不同的种群，有浮游、附着、底栖、陆生等多种生态类型。利用硅藻种群的生态特点，分析考古遗址土壤中的硅藻种群组合，对重建古环境，诸如地层沉积环境、稻作农业生产的发展，城市化过程、气候变迁等方面具有重要意义。